Il patrimonio della Fondazione è gestito in conformità agli indirizzi dettati dal Consiglio Generale rispettando criteri prudenziali e di diversificazione del rischio, con l'obiettivo di preservare nel lungo periodo il suo valore e generare una redditività tale da assicurare risorse finanziarie adeguate per il raggiungimento degli scopi statutari. 
Ripartito tra Fondo di dotazione, Riserva da rivalutazioni e plusvalenze, Riserva obbligatoria e Riserva per l'integrità del patrimonio, il patrimonio netto della Fondazione al 31 dicembre 2009 ammonta a 1,293 miliardi di euro ed è il risultato di progressivi incrementi: rispetto al 1992 l'incremento del patrimonio è stato del 354% circa.  
Gli investimenti a medio lungo termine al 31 dicembre 2009 rappresentano circa il 70% degli investimenti, mentre il restante 30% è dato da investimenti a breve termine quali gli strumenti finanziari non immobilizzati e la liquidità.
Dal 2003 una parte del patrimonio è destinata a iniziative che contribuiscono al perseguimento delle finalità istituzionali e che, al contempo, sono funzionali allo sviluppo del territorio, fermo restando un adeguato ritorno reddittuale. Si tratta dei cosiddetti investimenti per lo sviluppo del territorio, che negli ultimi anni sempre più Fondazioni stanno sperimentando, per il raggiungimento dei propri fini istituzionali. Nel 2009, quelli della Fondazione ammontano complessivamente a 51 milioni di euro, altri investimenti sono in via di definizione ed ulteriori impegni assunti sono in attesa di essere richiamati. 
Tra i ricavi del 2009, la voce più consistente è rappresentata dai dividendi che ammontano a 45 milioni di euro. Il peso dei dividendi da Conferitarie sul totale dei Ricavi è del 35,0%, in particolare quello di B.R.E.Banca è del 26,8%.  

Dalla gestione del patrimonio, dedotti i costi di funzionamento, le imposte e gli accantonamenti obbligatori, derivano le risorse per le erogazioni della Fondazione.  
Le erogazioni di ogni anno dipendono dall'avanzo dell'esercizio precedente, quindi le risorse erogative distribuite nel 2009 derivano dal Bilancio al 31 dicembre 2008, chiusosi con un avanzo di oltre 74 milioni di euro. 
Da questo risultato, al netto dei già citati accantonamenti e di quanto destinato al Fondo per il Volontariato, deriva la cifra destinata all'attività d'istituto per il 2009: oltre 46 milioni di euro, di cui circa 2 milioni destinati al Fondo per la realizzazione del Progetto Sud.  
Nella situazione di instabilità venutasi a creare a causa dell'emergere della crisi economica e finanziaria, la Fondazione ha deciso di attuare una politica erogativa prudenziale con l'obiettivo di salvaguardare le erogazioni nel triennio 2009-2011: pertanto, per l'anno 2009, 23 milioni di euro sono stati destinati all'attività erogativa, mentre 21,5 milioni di euro sono stati accantonati al Fondo per la stabilizzazione delle erogazioni. Grazie a questa decisione, la consistenza di tale  Fondo al 31 dicembre 2009 ammonta a 38,8 milioni di euro.